ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行全长转录组测序。
全长转录组测序（full-length transcriptome sequencing），又称为Isoform Sequencing（Iso-Seq），无需打断，基于三代测序平台直接获取转录本的5ˊ到3ˊ高质量全长序列，可准确识别可变剪接、基因融合、可选择性多聚腺苷酸化APA、等位基因特异性表达等转录本结构方面变异。基于nanopore三代测序平台进行全长转录组测序，除了可准确鉴别上述转录本结构变异，还可实现转录本（mRNA或polyA+ lncRNA）表达水平准确定量。